环球好推特 反差，我是邓飞。

蝴蝶谷中文娱乐

LD衰减图，不错形象的稽查群体LD衰减的情况。LD衰减是由于连锁回击衡所致，LD衰延缓度在不同物种梗概不同亚种中互异不同，往往用LD衰减到一般的距离来当作群体的衰减距离（还有其它蓄意模范），若是LD衰减很快，则在进行GWAS分析时需要更多的位点智力达到一定的精度。（蓄意群体GWAS分析所需要的最少SNP个数）

另外，LD衰减也不错响应群体受聘用的情况，一般来说，野生群体比驯化革新群体LD衰减快，异花授粉比自花授粉植物LD衰减快。

之前写过推文教程（LD衰减图绘图--PopLDdecay）

图片

出的图是上头这个形势的，若是东说念主为稽查的衰减一半的距离，简约是100kb傍边，何如更科学的蓄意呢？

网上看到了一个perl剧本不错把柄PopLDdecay的遵守自动蓄意衰减一半的距离：（https://www.jianshu.com/p/8205dbcb3839）

代码如下：calculate_LDlength.pl

#!/usr/bin/perl -wuse strict;my $in0 = $ARGV[0]; ##- sarson.LD.stat.gzopen IN0， "gzip -dc $in0 | ";<IN0>;my $firstLine = <IN0>;chomp($firstLine);my @firstLine = split(/\t/， $firstLine);my $max = $firstLine[1];close IN0;my %dis2Value = ();open IN1， "gzip -dc $in0 | ";<IN1>;while(<IN1>){  chomp;  my @temp = split(/\t/， $_);  $dis2Value{$temp[0]} = $temp[1];}close IN1;my $halfValue = $max/2;for my $key1(sort {$a<=>$b} keys %dis2Value){    my $next = $key1 + 1;        if(exists $dis2Value{$next}) {        my $currentValue = $dis2Value{$key1};       my $nextValue = $dis2Value{$next};             if($currentValue >= $halfValue && $nextValue < $halfValue){          print "Processing "， $in0， "\n";          print "max LD: r2: "， $max， "\n";          print "half LD:  r2: "， $halfValue， "\t"， "LD length: "， $key1， "\n";           last;       }     }}

举例PopLDdecay生成的文献为：LDdecay.stat.gz，用上头的模范处治这个文献，就能赢得衰减一半的距离，调用模范：

$ perl calculate_LDlength.pl LDdecay.stat.gz Processing LDdecay.stat.gzmax LD: r2: 0.8551half LD:  r2: 0.42755  LD length: 67

不错看到LD衰减一半的值是0.427，对应的距离是67kb。

以上推特 反差。

本站仅提供存储劳动，通盘现实均由用户发布，如发现存害或侵权现实，请点击举报。